從色譜原理上分類，離子色譜屬液相色譜的一種，但由于離子色譜與普通液相色譜在結構和分析對象上有一些差異，一般作為獨立的一個色譜大類考慮。離子色譜與液相色譜的差別主要體現(xiàn)在儀器結構和應用范圍兩個方面。

1)在儀器結構方面：離子色譜和液相色譜均有溶劑輸送系統(tǒng)、進樣系統(tǒng)、檢測系統(tǒng)和信號記錄和處理系統(tǒng)，但由于離子色譜和液相色譜所用的流動相不同，因而檢測方式及信號處理也不同，在各部件上有一些差別。 　　
A、離子色譜一般采用酸、堿及鹽的水溶液作為流動相，要求系統(tǒng)可以耐酸、耐堿，因此通常離子色譜裝置采用非金屬材質。例如：采用聚醚醚酮（PEEK）塑料作為泵體、流路和閥體等要求耐高壓的部分，而以聚四氟乙烯或PEEK材料作為檢測器，外接管路等。由于加工和強度方面的差異，一般情況下全塑的材料在耐壓強度和精度上比金屬材料要略低一些。
液相色譜一般采用有機溶劑作淋洗液，因此多數(shù)采用金屬泵體，可以耐任何類型的有機溶劑，但對于酸或堿性流動相，易產(chǎn)生腐蝕現(xiàn)象。隨著液相色譜在生物領域的廣泛應用，為了避免金屬對一些生物活性物質的吸附作用，一些在生物方面應用的液相色譜儀器也采用PEEK材料作為泵體、流路和閥。在這一領域，離子色譜和液相色譜具有了一定的通用性。
B、離子色譜可分為抑制型和非抑制型，采用抑制器的抑制型離子色譜目前應用廣泛。液相色譜沒有類似的裝置。抑制器在結構上與液相色譜的柱后衍生系統(tǒng)相似，但抑制器是抑制型離子色譜*組件之一。非抑制型離子色譜不用抑制器，與液相色譜十分相似，一些非抑制型離子色譜有時可以采用液相色譜的泵、流路和進樣閥。
C、檢測器是離子色譜與液相色譜的又一主要差別。液相色譜常采用紫外-可見光度檢測器；而離子色譜zui通用的是電導檢測器。 　　

2)離子色譜與液相色譜的分析對象差別很大。液相色譜作為分析儀器中zui廣泛使用的一類儀器，在許多領域中被廣泛應用。采用液相色譜時，常要求被測物具有一定光度吸收，因此液相色譜一般可以用于有機化合物的分析。而離子色譜主要利用離子在水溶液中電離產(chǎn)生電導的特點，因而主要用于無機離子的分析。 　　
當然，離子色譜和液相色譜的應用并不是的沒有交叉，目前離子色譜已經(jīng)廣泛用于有機化合物的分析，而液相色譜也可以解決大量無機離子的分析問題，兩種分離模式具有一定的互補性。一些液相色譜無法解決的分析難題，可以嘗試用離子色譜的方法來解決